那王黼怕徽宗见责，竟将警奏搁起，并不上奏。因此，江南方腊匪患，深居宫中的徽宗皇帝，并不知情。
时有淮南发运使陈遘，来京办事，见匪情急矣，宰相王黼尚遮掩隐瞒，心中激愤，遂避过王黼，进入宫中，直接奏陈徽宗。至此，徽宗乃始知此番乱事。
徽宗既闻陈遘奏报，大吃一惊，急令童贯为江、淮、荆、浙宣抚使，谭稹为两湖制置使，王禀为统制，分率禁旅，即日南下。
又因陈遘疏中，谓浙兵无用，须调集外旅，速平匪乱。徽宗深以为然，乃复飞饬陕西六路精兵，同时南征。
于是边将辛兴忠、杨惟忠统熙河兵，刘镇统泾原兵，杨可世、赵明统环庆兵，黄迪统鄜延兵，马公直统秦凤兵，冀景统河东兵，六路兵马，共归都统制刘延庆节制。总计内外各军，调赴东南，约得十五万人。
各军陆续南下，免不得费时需日。
至童贯等率兵抵达金陵，已是宣和三年孟春月中。
这时，方腊转陷婺州，又陷衢州。衢州太守彭汝方被执，押至方腊处。不待方腊审问，彭汝方开口便骂，左一个贼，又一个寇，怒骂不休。方腊大怒，令将彭汝方斩首示众。彭如方遂被南军兵士拉出大厅，斩首示众。
没过几日，方腊军又攻陷处州，缙云尉詹良臣率数十人出御，为贼所擒，诱降不屈，也被杀死。
随即，方腊嗣令杭州守贼方天定引众六万，陷崇德县，转攻秀州。
方天定得令，率南军六万众，在攻陷了崇德县后，又驱兵马，来到秀州城下，将秀州城团团围住，昼夜攻打。幸亏秀州统军王子武，果敢善战，号召兵民，登陴力御，斗大的秀州城，兀自守住，未被南军攻破。
童贯率军抵达金陵，稍事休整，留偏将刘镇把守金陵，他率军急进，抵达镇江后，闻知秀州被围，急檄王禀驰援，去救秀州。正巧熙河将辛兴宗、杨惟忠亦领兵到来，两路军遂夹攻方天定，方天定支持不住，只好退走，秀州解围。
方腊东攻不克，转图西略，连陷宁国、旌德诸县，官军被其牵制，又只得分军西援，一时顾不到浙西。
童贯率兵，到了苏州，知道花石纲引起的民愤太大，立刻私自用宋徽宗的名义，下了一道诏书，承认错误，并且撤销了专办花石纲的“应奉局”，把朱勔撤职。
东南的百姓看到朝廷取消了花石纲，徽宗皇帝也下了罪己诏，承认了错误，罢免了朱勔，总算是出了一口恶气。
这时候，童贯使用了和谈与征剿两种手段，先是派人到方腊那里下降书，承诺只要方腊投降朝廷了，保证不杀，并给予一定的官职；另一方面整顿战备，准备进剿方腊。
信使打出了写有“信使”二字的三角旗，一路寻至方腊行营，下了招降书。
那方腊全不似水泊梁山的宋江。对朝廷的招安，方腊严词拒绝，将招降书唰唰几把撕成碎片，掷于地上，喝令键卒，扯翻了信使，摁于地上，照屁股打了一顿棍棒，撵将了出去。
童贯派去的信使屁股被打得皮开肉绽，忍着痛疼，一瘸一拐地走了。
信使回到童贯大帐，将招降方腊不成反被棍打的情况，报告给了童贯。童贯闻听到这个情况，气得暴跳如雷，急令部属，抓紧战备，准备征剿方腊。
战备整顿完毕，童贯再行进发，进剿方腊匪军。
方腊起事，声势虽然闹得挺大，但若是真打起仗来，远不是训练有素的官兵对手。所以，在童贯大军的征剿下，方腊节节败退，一直退到了帮源峒。
童贯指挥各路援军，共计有三十万人马，四下里将帮源峒围困了起来。
方腊见情势危急，急令部下带领大部队突围，他自己带领一小部分人员，牵制官兵。
方腊手下几大元帅均不同意，纷纷说道：“圣上，您带着部队突围，我们给您打掩护。”
方腊闻言，急令道：“情势危急，不要再争了。与你们相比，我的目标更大，童贯那个佞贼盯得是我，不是你们，只要你们能安全突围，便是留得了青山，何愁没有柴烧？你们要保全力量，继续战斗。”
说完，方腊拖着已经受伤的身体，带领一小队人马，突然杀向官兵，以此吸引官兵注意力，掩护其他人突围。
冲至官兵阵中的方腊，挥舞着大刀，接连砍死数十名官兵。
方腊的刀刃砍得卷了起来，不能再用；于是，方腊便跳下马，举起一块块石头，使劲地掷向官兵。
官兵中，有认得方腊的，大喊一声：“此贼乃方腊！”
官兵闻听到对方是方腊，争功心切，挥舞着刀枪，围了上来。方腊身边的石头也投掷完了，只能赤手空拳地与官兵对打。朝廷官兵见方腊已是困兽犹斗，纷纷冲上去，抢着砍方腊的头，好回去邀功。
可惜方腊没有陈硕贞的运气，此时，除了汹涌而上的官兵外，并没有凤凰飞至自己身旁，他好骑了凤凰离去。当时方腊，身陷众围，寡不敌众，被官兵一阵大刀，砍成了肉酱。
自此，方腊起义被灭，余众也陆续被征剿。
关于方腊的死，这是一种说法，似乎不甚有意思。
另一种说法来自《续资治通鉴》。